ToΤμήμα Προϋπολογισμού και Λογιστηρίου παρακολουθεί την εκτέλεση του Τακτικού Προϋπολογισμού και του Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων καθώς και μεριμνά για τις αναμορφώσεις αυτού, όταν απαιτείται. Μεριμνά για την έγκαιρη χρηματοδότηση του Ιδρύματος από το κράτος και βεβαιώνει τα πάσης φύσεως έσοδα με την έκδοση γραμματίων είσπραξης.

• Εισηγείται την έγκριση των αιτουμένων δαπανών των τμημάτων από τα αρμόδια όργανα και προβαίνει στην έκδοση των αποφάσεων ανάληψης υποχρέωσης και την ανάρτησή τους στην Διαύγεια.
• Συγκεντρώνει τα δικαιολογητικά των δαπανών και εκδίδει τα χρηματικά εντάλματα πληρωμής και προπληρωμής. Στη συνέχεια, κατόπιν ελέγχου, προβαίνει στις απαραίτητες ενέργειες για την εξόφλησή τους στους δικαιούχους καθώς και τις κρατήσεις αυτών στα αρμόδια ταμεία.
• Τηρεί το Μητρώο Δεσμεύσεων και του Βιβλίου Εγκρίσεων και Εντολών Πληρωμής.
• Συντάσσει και αποστέλλει μηνιαία, τριμηνιαία και ετήσια απολογιστικά και στατιστικά στοιχεία προς τους αρμόδιους φορείς.
• Συντάσσει τον ετήσιο απολογισμό του Ιδρύματος και τον αποστέλλει για έγκριση από τα αρμόδια όργανα του Ιδρύματος.