Το Τμήμα Μισθοδοσίας μισθοδοτεί κατά μέσο όρο 420 άτομα. Επίσης, μισθοδοτεί κατά μέσο όρο και 50 άτομα έκτακτο διδακτικό προσωπικό.

Ασχολείται με:

1. Την μισθολογική τακτοποίηση όπως ορίζει η νομοθεσία και την έγκαιρη αποστολή μισθοδοσίας του ανωτέρω προσωπικού προς την  Ενιαία Αρχή Πληρωμής (ΕΑΠ).
2. Την απόδοση κάθε μήνα των ασφαλιστικών εισφορών σε όλους τους φορείς (ΕΑΠ, ΕΦΚΑ-ΙΚΑ, ΕΔΟΕΑΠ).
3. Την έκδοση μισθοδοτικών καταστάσεων για Διδάσκοντες ΠΔ 407/80, εκπαιδευτικές άδειες, πρακτική ΤΕΙ, Προγράμματα ΛΑΕΚ, Αποζημιώσεις για έκδοση Χρηματικών Ενταλμάτων από το Τμήμα Λογιστηρίου.
4. Την τήρηση ετήσιων μητρώων και μηνιαίων μισθολογικών καταστάσεων για κάθε μισθοδοτούμενο.
5. Τη χορήγηση βεβαιώσεων αποδοχών και αποστολής αρχείου στο taxis.